03.火星城(Mars City) 出电梯就有一场枪战，结束后发现无路可走。头顶突然传来声音，从放下的梯子爬上去可以看到一位名叫Roland的幸存工作人员。钻进狭窄的管线通道，最后掉入一间血迹斑斑的办公室，消灭怪物后拿取PDA和补给，在离开办公室的遭遇战中可缴获冲锋枪。到对面房间中找到一张ACO钥匙卡，用它可以打开台阶上的大门，几经拼杀来到标有Infirmary(医务室)的走廊，进医务室后从桌上获取医生PDA，得知密码347可打开017号储藏柜。进里间扫倒手术台上跳起来的僵尸，出门先向左走，蹲下从火舌下方爬过去可获得一名军士长的PDA。返回走右边那条路终于来到一片狼藉的指挥部，靠近屏幕可见到受困的军士长Kelly，他要你前往阿尔发试验室与Bravo小队会合，为了方便行动，他还提升了你的PDA通行证级别。到旁边的武器库里，查看军士长PDA中的邮件得知密码584，打开武器库后能拿就拿吧。然后沿原路折返，在T字路口转弯，升级后的通行证可打开原先无法开启的大门，出去当然又免不了一通打杀，餐厅和厕所里都有弹药补给。前面突然出现了那只可爱的小蜘蛛机器人，跟着它前进，你会发现它的火力也不弱。来到标有Administration的电梯前，乘电梯往下而去。
04.管理中心(Administration)
在电梯门外听到Betruger博士向Swann的摊牌和嘲讽，无奈之余的Swann准备采取特殊措施，看来这位领事也是有备而来。走左边进阿尔发试验室大门，枪战之后从过道办公室里拿取PDA和光碟。办公室里的013号储藏柜可用密码586打开，但旁边的安全门此时还暂时无法开启。继续前进，途中找到一位垂死的战友，在他身边有扇进入试验室中心区的安全门，只有试验室主任William Banks的PDA才能打开它。返回电梯厅，有怪物砸开右边的破门冲出，消灭它们后进门探索，在大厅旁的控制间内打开安全门后，一只巨大的肉头怪惊天动地扑来，这时千万别省机枪子弹。从路尽头的台阶上去，来到主任办公室进门可看到右下方房间内Swann和Campbell在忙碌。再往前走，在一间血肉模糊还点着蜡烛的房间里获得William Banks的PDA，但四周埋伏的怪物也会杀出。查看PDA里的邮件记录，得知Betruger博士正在研究从地球运送来的古代宗教文物。返回电梯厅，再进阿尔发试验室，先从013号储藏柜旁的安全门进去，来到Swann等人刚才所在的房间，获得网络管理员的PDA。用桌面电脑登录网络均告失败，UAC火星分部完全与外界失去了联系。爬铁梯到刚才有怪物朝你扔油桶的台子上，跳下去回到战友遗体所在地，这次终于打开了通向阿尔发试验室中心区的大门。
05.阿尔发试验室1区(Alpha Labs Sector 1)
出大门后在右侧控制室有终端可开启16号门，前方有更多怪物，可钻入有激光碎解仪的房间内，控制室另一侧门外的终端可打开碎解仪前方的维修门。从维修门钻进甬道，但要小心别被光束射中身体，在甬道尽头右侧有个红色小按钮，按下后打开一道暗门，出去消灭外面守敌，往左下楼梯来到机房。一扇小门外喷吐的火焰挡住去路，从背后的暗道里拐入另一间屋，操纵台上有新PDA，按终端可扑灭小门外火焰，然后继续在恐怖气氛中摸索前进。在天花板上悬挂有一具尸体的房间内，几只双头怪物会向你发动前后夹击，搞定它们后从地板上的洞口钻下去，遇到岔路口往左拐，上到地面后仔细点就能找到前进之路。穿过标有AL1 HO5的小门，很快来到有很多仪表的控制室，右边安全门需要特定身份PDA才能开启。先走左边，进去杀死隔间中冒出的怪物，从隔间里的铁梯爬上去，在这里可遇到另一名生存的科学家Kreitman，他仍在抢修出了故障的液压门。看准时机冲过上下降落的门闸，门外左侧就是Lipsitz的尸体和PDA。拿到PDA后从旁边天花板洞口跳下正好回到安全门前。进门会看到Swann与Campbell沿隔壁走道狂奔。消灭围上来的怪物后从医疗箱旁的门出去，走20号门，最后出22号门与众多双头怪激战，通向Sector 2区的电梯就在旁边。
